อาจารย์ศักดิ์อนันต์ ปลาทอง เป็นอาจารย์ประจำคณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และหัวหน้าหน่วยวิจัยแนวปะการังและสัตว์หน้าดิน (Coral Reef and Benthos Research Unit)
ตลอดระยะเวลากว่า 30 ปีที่ผ่านมา ท่านมีประสบการณ์ด้านสิ่งแวดล้อมทางทะเลอย่างกว้างขวาง ครอบคลุมตั้งแต่งานวิจัยพื้นฐานด้านนิเวศวิทยาทางทะเลไปจนถึงการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง โดยมีความเชี่ยวชาญในด้านการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมทางทะเล (Marine Environmental Impact Assessment) การจัดการแนวปะการัง หญ้าทะเล และป่าชายเลน รวมถึงการบริหารจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ท่านเคยดำรงตำแหน่งหัวหน้าโครงการจัดทำแผนบริหารจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเลหลายแห่งของประเทศไทย และมีบทบาทสำคัญในการจัดทำแผนบริหารจัดการพื้นที่อนุรักษ์ทางทะเลในทะเลอันดามัน รวมถึงการจัดทำเอกสารเสนอชื่อพื้นที่กลุ่มป่าสงวนธรรมชาติทางทะเลฝั่งอันดามันของประเทศไทย เพื่อขึ้นทะเบียนเป็นแหล่งมรดกโลกทางธรรมชาติ
ในระดับนานาชาติ อาจารย์ศักดิ์อนันต์ได้ทำงานเป็นที่ปรึกษาให้แก่องค์กรและโครงการความร่วมมือด้านทะเลและชายฝั่งหลายแห่ง อาทิ โครงการปฏิบัติการเพื่อการคุ้มครองและพัฒนาสภาพแวดล้อมทางทะเลและพื้นที่ชายฝั่งในภูมิภาคเอเชียตะวันออก (UNEP-COBSEA) ความร่วมมือเพื่อการจัดการสิ่งแวดล้อมทางทะเลในเอเชียตะวันออก (PEMSEA) โครงการระบบนิเวศทะเลขนาดใหญ่แห่งอ่าวเบงกอล (BOBLME) และสหภาพสากลว่าด้วยการอนุรักษ์ธรรมชาติ (IUCN)
ผลงานวิจัยของท่านมุ่งเน้นการศึกษาสัตว์หน้าดินทางทะเล (Marine Benthos) และระบบนิเวศพื้นท้องทะเลในแหล่งอาศัยที่หลากหลาย ทั้งบริเวณปะการังเทียม แท่นผลิตปิโตรเลียมนอกชายฝั่ง และพื้นที่พื้นท้องทะเลแบบตะกอนนุ่มในเขตชายฝั่ง นอกจากนี้ ท่านยังมีบทบาทสำคัญในการค้นพบและบรรยายชนิดพันธุ์สัตว์หน้าดินใหม่จากน่านน้ำไทย โดยล่าสุดได้ร่วมเสนอชนิดพันธุ์ใหม่จำนวน 11 ชนิด ซึ่งนับเป็นการเพิ่มองค์ความรู้ด้านความหลากหลายทางชีวภาพทางทะเลของประเทศไทยอย่างมีนัยสำคัญ
ด้วยประสบการณ์อันยาวนานทั้งในด้านการวิจัย การจัดการพื้นที่คุ้มครอง และการอนุรักษ์ทรัพยากรทางทะเล อาจารย์ศักดิ์อนันต์ ปลาทอง ได้รับการยอมรับในฐานะผู้เชี่ยวชาญด้านระบบนิเวศทางทะเลและความหลากหลายทางชีวภาพที่มีบทบาทสำคัญต่อการพัฒนานโยบายและการบริหารจัดการทรัพยากรทางทะเลของประเทศไทย